Новая зброя для дыягностыкі туберкулёзу і выяўлення наркотыкаў: мэтанакіраванае новае пакаленне паслядоўнасці (ТНГ) у спалучэнні з машынным навучаннем для дыягностыкі падвышанай адчувальнасці туберкулёзу
Справаздача аб літаратуры: CCA: дыягнастычная мадэль, заснаваная на ТНГ і машыннага навучання, які падыходзіць людзям з менш бактэрыяльным туберкулёзам і туберкулёзным менінгітам.
Назва дысертацыі: Tubercustles, арыентаваная на паслядоўнасць наступнага пакалення і машыннае навучанне: ультра-адчувальная дыягнастычная стратэгія для пеўкуфічных трубкоў і трубчастых менінгіту.
Перыядычна: 《Clinica whimica acta》
Калі: 6.5
Дата публікацыі: студзень 2024 г.
У спалучэнні з Універсітэтам кітайскай акадэміі навук і пекінскім грудным бальніцы сталічнага медыцынскага універсітэта, макра-мікра-тэстам усталяваў мадэль дыягностыкі туберкулёзу, заснаваную на новым пакаленні мэтанакіраванага паслядоўнасці (TNGS) і метаду машыннага навучання, якая забяспечвала звышвысокі высокі Выяўленне адчувальнасці да туберкулёзу з невялікі Віды туберкулёзу і дапамагалі дакладнай дыягностыцы, выяўленні ўстойлівасці да наркотыкаў і лячэннем туберкулёзу. У той жа час высветлілася, што плазмавая кфДНК пацыента можа быць выкарыстана ў якасці падыходнага тыпу ўзору для клінічнага адбору ў дыягностыцы ТБМ.
У гэтым даследаванні былі выкарыстаны 227 узораў плазмы і ўзораў спіннамазгавой вадкасці для стварэння дзвюх клінічных кагортаў, у якіх былі выкарыстаны лабараторныя дыягнастычныя кагорта Дыягнастычная мадэль. Усе ўзоры былі ўпершыню арыентаваны на спецыяльна распрацаваны мэтанакіраваны пул зонда захопу для мікабактэрый туберкулёзу. Затым, на аснове дадзеных паслядоўнасці TB-TNGS, мадэль дрэва рашэння выкарыстоўваецца для выканання 5-кратных перакрыжаваных праверкі на наборах навучання і праверкі лабараторнай дыягностыкі, а таксама дыягнастычных парогаў узораў плазмы і ўзораў спінальнай вадкасці. Атрыманы парог уносіцца ў два тэставыя наборы чаргі клінічнай дыягностыкі для выяўлення, а дыягнастычная праца вучняў ацэньваецца па крывой ROC. Нарэшце, была атрымана мадэль дыягностыкі туберкулёзу.
Мал. 1 Схематычная схема распрацоўкі даследаванняў
Results: According to the specific thresholds of CSF DNA sample (AUC = 0.974) and plasma cfDNA sample (AUC = 0.908) determined in this study, among 227 samples, the sensitivity of CSF sample was 97.01%, the specificity was 95.65%, and Адчувальнасць і спецыфіка ўзору плазмы склалі 82,61% і 86,36%. In the analysis of 44 paired samples of plasma cfDNA and cerebrospinal fluid DNA from TBM patients, the diagnostic strategy of this study has a high consistency of 90.91% (40/44) in plasma cfDNA and cerebrospinal fluid DNA, and the sensitivity is 95.45% (42/44). У дзяцей з туберкулёзам лёгкіх, дыягнастычная стратэгія гэтага даследавання больш адчувальная да ўзораў плазмы, чым вынікі выяўлення XPERT узораў страўнікавага соку ў тых жа пацыентаў (28,57% супраць 15,38%).
Мал. 2 Аналіз Прадукцыйнасць мадэлі дыягностыкі туберкулёзу для ўзораў папуляцыі
Мал. 3 Дыягнастычныя вынікі парных узораў
Выснова: У гэтым даследаванні быў створаны гіперчувстительное дыягнастычны метад туберкулёзу, які можа забяспечыць дыягнастычны інструмент з найбольшай адчувальнасцю да выяўлення для клінічных пацыентаў з алігабацылярнымі сухотамі (адмоўная культура). Выяўленне падвышанай адчувальнасці да туберкулёзу на аснове плазменнай кфДНК можа стаць прыдатным тыпам выбаркі для дыягностыкі актыўнага туберкулёзу і туберкулёзнага менінгіту (узоры плазмы простыя ў зборы, чым спіннамазгавую вадкасць для пацыентаў, якія падазраюцца ў туберкулёзе мозгу).
Арыгінальная спасылка: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990? праз%3dihub
Кароткае ўвядзенне прадуктаў выяўлення макра-і мікра-тэста
З улікам складанай выбарчай сітуацыі пацыентаў з туберкулёзам і розных патрэбаў, макра-тэст забяспечвае поўны набор рашэнняў NGS для экстракцыі звадкавання з узораў мокроты, будаўніцтва і паслядоўнасць бібліятэкі Qualcomm і аналіз дадзеных. Прадукты ахопліваюць хуткую дыягностыку хворых на туберкулёз, выяўленне туберкулёзу, набраўшы мікабактэрый і NTM, дыягностыку падвышанай адчувальнасці бактэрый-адмоўных туберкулёзу і туберкулёзных людзей і г.д.
Наборы паслядоўнага выяўлення для туберкулёзу і мікабактэрый:
| Пункт № | Назва прадукту | Змест тэставання прадукту | Тып узору | Прыдатная мадэль |
| HWTS-3012 | Агент па вызваленні ўзору | Выкарыстоўваецца ў лячэнні ўзораў мокроты, які выкарыстоўваецца, атрымала нумар першага класа, абсталяванне для машын Sutong 20230047. | мокрота | |
| HWTS-NGS-P00021 | Набор выяўлення колькасці Qualcomm для падвышанай адчувальнасці да туберкулёзу (метад захопу зонда) | Неінвазіўная (вадкая біяпсія) выяўленне падвышанай адчувальнасці для бактэрый-негатыўных туберкулёзу і мазгавых вузельчыкаў; Узоры людзей, якія падазраюцца ў заражэнні туберкулёзам або мікабактэрыямі, якія нетуберкулёз, былі прааналізаваны шляхам высока глыбіні паслядоўнасці метагеномікі, а таксама інфармацыяй аб выяўленні мікабактэрый туберкулёзу ці нетуберкулёзу, і асноўнай інфармацыяй аб наркотыкаў першай лініі мікабактэрый Tubercuclesion Tuberculosis Tuberculosis Tuberculosis былі прадастаўлены. | Перыферычная кроў, альвеалярная вадаспад вадкасці, гідраторакс і асцыт, узор праколу фокусу, спіннамазгавая вадкасць. | Другое пакаленне |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium typing і набор для выяўлення наркотыкаў (метад паслядоўнасці мультыплекснага ўзмацнення) | Тэст на тэкст мікабактэрый, уключаючы MTBC і 187 NTM；Выяўленне ўстойлівасці да наркотыкаў мікабактэрый туберкулёзу ахоплівае 13 лекаў і 16 асноўных мутацыйных участкаў генаў рэзістэнтнасці да наркотыкаў. | Мокрота, альвеалярная прамыванне вадкасці, гідраторакс і асцыт, узор праколу фокусу, спіннамазгавая вадкасць. | Двайная платформа другога/трэцяга пакалення |
Асноўныя моманты: HWTS-NGS-T001 Mycobacterium typing і набор для выяўлення наркотыкаў (метад мультыплекснага ўзмацнення)
Уводзіны прадукт Уводзіны
Прадукт заснаваны на асноўных прэпаратах першай і другой лініі, апісаных у рэкамендацыях па лячэнні СААЗ, макралідах і амінагліказідах, якія звычайна выкарыстоўваюцца ў рэкамендацыях па лячэнні NTM, а сайты ўстойлівасці да наркотыкаў ахопліваюць усе адну групу сайтаў, звязаных з наркотыкамі, у сайтах, звязаных з наркотыкамі, у сайтах, звязаных Каталог комплексу мутацыі Mycobacterium tuberculosis, а таксама іншыя зарэгістраваныя гены ўстойлівасці да наркотыкаў і сайты мутацыі ў адпаведнасці з даследаваннем і статыстыкай Літаратуры высокага баку дома і за мяжой.
Ідэнтыфікацыя набору тэксту заснавана на штамах NTM, абагульненых у кіруючых прынцыпах NTM, апублікаваных Кітайскім часопісам туберкулёзу і рэспіраторных захворванняў і кансенсусу экспертаў. Распрацаваны надпіс, які набраў тэкст, можа ўзмацняць, паслядоўна і анатаваць больш за 190 відаў NTM.
Дзякуючы мэтанакіраванай тэхналогіі ўзмацнення ПЦР мультыплекснай, генатыпізацыі генаў і ўстойлівых да наркотыкаў генаў мікабактэрый былі ўзмоцнены мультыплексным ПЦР, і было атрымана спалучэнне ампліконаў мэтавых генаў. Ампліфікаваныя прадукты могуць быць пабудаваны ў бібліятэках паслядоўнасці з высокай прапускной здольнасцю другога пакалення або трэцяга пакалення, а ўсе платформы паслядоўнасці другога пакалення і трэцяга пакалення могуць быць падвергнуты паслядоўнаму паслядоўнасці для атрымання паслядоўнасці інфармацыі пра мэтавыя гены. Параўноўваючы з вядомымі мутацыямі, якія змяшчаюцца ва ўбудаванай эталоннай базе дадзеных (у тым ліку ў каталогах мутацыі Mycobacterium tuberculosis Complex Mutation і яго сувязі з устойлівасцю да наркотыкаў), былі вызначаны мутацыі, звязаныя з рэзістэнтнасцю да лекаў або адчувальнасцю датуберкулёзу прэпаратаў. У спалучэнні з самаацэненым растворам для лячэння мокроты макра-мікра-тэсту была вырашана праблема эфектыўнасці ўзмацнення ўзмацнення нуклеінавай кіслаты (у дзесяць разоў вышэй, чым у традыцыйных метадах), так што выяўленне паслядоўнасці ўстойлівасці да наркотыкаў можа быць непасрэдна прымяняецца да ўзораў клінічнай мокроты.
Дыяпазон выяўлення прадукту
34гены, звязаныя з устойлівасцю да лекаў18анты-туберкулёзныя прэпараты і6Былі выяўлены прэпараты NTM, якія ахоплівалі297сайты ўстойлівасці да наркотыкаў; Дзесяць відаў мікабактэрый туберкулёзу і больш, чым190Былі выяўлены віды NTM.
Табліца 1: Інфармацыя пра 18+6 наркотыкаў+190+NTM
Перавага прадукту
Моцная клінічная адаптацыя: узоры мокроты можна непасрэдна выявіць пры дапамозе самастойнага ўздзеяння без культуры.
Эксперыментальная аперацыя простая: першы раўнд аперацыі па ампліфікацыі простая, а канструкцыя бібліятэкі завершана за 3 гадзіны, што павышае эфектыўнасць працы.
Комплексная наборка тэксту і ўстойлівасці да наркотыкаў: пакрыццё сайтаў набору тэксту і ўстойлівасці да наркотыкаў MTB і NTM, якія з'яўляюцца ключавымі момантамі клінічнай праблемы, дакладным выяўленнем і выяўленнем устойлівасці да наркотыкаў, падтрымкай незалежнага аналізу праграмнага забеспячэння і генеруючых справаздач аб аналізе адным клічэннем.
Сумяшчальнасць: сумяшчальнасць прадуктаў, адаптацыя да платформаў Mainstream ILM і MGI/ONT.
Спецыфікацыя прадукту
| Код прадукту | Назва прадукту | Платформа для выяўлення | спецыфікацыі |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium typing і набор для выяўлення наркотыкаў (метад мультыплекснага ўзмацнення) | Ont 、 Illumina 、 Mgi 、 Salus pro | 16/96rxn |
Час пасля: студзень-23-2024